理学研究科

• 多元数理学専攻（多元数理学研究科）
• 素粒子宇宙物理学専攻
• 化学専攻
• 物質理学専攻
• 生命理学専攻
• 地球環境科学専攻（地球惑星科学科）

医学系研究科

• 医学専攻
• 総合保健学専攻

工学研究科

• 有機・高分子化学専攻
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• 応用物理学専攻
• 物質科学専攻
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• 物質プロセス工学専攻
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• 総合エネルギー工学専攻
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• 都市環境学専攻

情報学研究科

• 数理情報学専攻
• 複雑系科学専攻
• 社会情報学専攻
• 心理・認知科学専攻
• 情報システム学専攻
• 知能システム学専攻

生命農学研究科

• 森林・環境資源科学専攻
• 植物生産科学専攻
• 動物科学専攻
• 応用生命科学専攻

創薬科学研究科

• 創薬有機化学講座
• 創薬生物科学講座
• 創薬分子構造学講座
• 産学協同研究講座